Alle Naturschutzprojekte, die auf AgoraNatura angeboten werden, sind hinsichtlich ihrer Wirkungen auf die biologische Vielfalt und Ökosystemleistungen quantifiziert. Diese wissenschaftlich fundierte Ausweisung ihrer Effekte macht die Projekte überprüfbar, transparent und in Teilen vergleichbar.

Projekte, die auf AgoraNatura zur Finanzierung angeboten werden, müssen die Anforderungen des Natur^Plus-Standards erfüllen. Dieser Standard beschreibt Anforderungen an die Projektentwicklung sowie Methoden und Regeln zur Messung, Berichterstattung und Verifizierung der Effekte. Der Natur^Plus-Standard wird von den AgoraNatura-Forschungspartnern in Kooperation mit EUROPARC Deutschland e. V. entwickelt und ist ein projektunabhängiger, öffentlich zugänglicher Standard.

AgoraNatura steht grundsätzlich allen Naturschutzinvestoren und Projektanbietern offen und basiert auf Freiwilligkeit. Sowohl das Angebot von Naturschutzprojekten als auch der finanzielle Beitrag zur Umsetzung dieser Projekte erfolgt also freiwillig.

Als Gegenleistung für ihren finanziellen Beitrag erhalten Unternehmen und Privatpersonen Naturschutzzertifikate, die Auskunft über die Effekte des unterstützten Projekts geben. Die Zertifikate stellen beispielsweise dar, wie das Projekt auf die Tier- und Pflanzenwelt wirkt, inwiefern der Eintrag von Stickstoff in Gewässer oder der Ausstoß von Klimagasen vermindert wird. Dabei beziehen sich alle Naturschutzzertifikate auf eine konkrete Flächengröße (100 Quadratmeter) und haben eine festgelegte Laufzeit (1 Jahr).

Die Projekte bewirken entweder eine Aufwertung von biologischer Vielfalt und bestimmten Ökosystemleistungen auf den Flächen oder sorgen für den Erhalt besonders wertvoller Flächen. Quantifiziert werden die Wirkungen immer im Vergleich zu einem Referenzszenario. Dieses Szenario beschreibt, was anstelle der Naturschutzmaßnahme auf der jeweiligen Fläche getan werden könnte. Laut Natur^Plus– Standard muss es sich dabei um realistische Landnutzungsalternativen handeln.